Спустя 2 года после того как забрали Саске жизнь в Конохе начала налаживаться. Песчанный Гаара стал Казакаге и немедленно заключил договор о мире со страной Огня. Цунаде продолжает восстанавливать селений после столь неудачного нападения Орочимару. Селение зарабатывает деньги на восстановлении с помощью выполнения миссий. Задействованы все шиноби, которые не обеспечивают безопасность деревни, даже некоторые особо подающие надежды Генины допущены к миссиям А-ранга. Деревня, не смотря ни на что, принимает все миссии, так как другие Деревни Ниндзя не должны знать о слабости Конохи, иначе многие захотят проглотить этот лакомый кусочек.
В своем убежище Орочимару тренирует Саске. Кабуто Якуши во всем помогает ему и является строгим (в меру, даже он уже побаивается Саске) учителем для будущего тела Орочимару. Саске продолжает упорно тренироваться, осознавая то, что в последней битве с Наруто, даже получив силу от Орочимару, он победил совершенно случайно, и успешно овладевает новыми техниками.
Узумаки Наруто вместе с одним из легендарных Саннин Джирайей возвращается в деревню. Наруто не узнать, он овладел сильнейшими приемами ниндзютсу и теперь уже не так глуп, как раньше.